結婚新生活支援事業　勤務先から住宅手当が支給されている場合は、住宅手当分は対象になりますか？

対象になりません。
補助対象となるのは、勤務先からの住宅手当分を除いた申請者及び配偶者が実際に負担した金額になります。
住宅賃借に係る住居費を申請される場合は、勤務先が発行する住宅手当支給証明書や給与明細書等により、手当額を確認させてもらいます。